Как вставить свой код в head всех страниц?

Перейдите в Настройки бренда и вставьте свой код в поле Заголовок.

Как отключить двухэтапную аутентификацию, если нет доступа к панели управления?

Удалите соответствующую запись из базы данных /usr/local/mgr5/etc/<короткое имя панели управления>.db в таблице totp.